Arkadaşım Merhaba , 
Hatayı şurada yapıyorsun ; Kullanıcıdan bilgi almak için Kullandığın bileşen JOptionPane sınfından inputdialog kutusu. inputdialogtan girilen her bilgi String tipindedir. Senin int y demiş oldugun şey ise adı üzerinde Integer tipindedir. Yani sen burada kullanıcıdan aldıgın String bir ifadeyi ( örnek olarak 2 girsin) Integer olarak tanımladığın için problem çıkıyor. Demişsin  ki konsoldan yapınca program çalışıyor bir sıkıntı yok. Evet o zaman çalışır çünkü konsol ile inputdialog kutusu arasında fark var. Konsoldan " 2"  sayısını girersen bunun tipini programın kendisi integer olarak algılar ve y değişkenine atamada bir sıkıntı çıkmaz. Fakar dediğim gibi inputdialog kutusundan alırsan bilgiyi o zaman iş değişir. Inputdialogtan alınan her girdi String ' tir unutma. Senin o girilen sayıyı kullanman için önce integer tipine çevirmen gerekecek . Onun da nası yapıldığını aşağıdaki kod bloğunan anlarsın . Biraz uzun bir yazı oldu ama kafanın karışmasını istemediğim için açıkladım . İyi çalışmalar.

String bilgi = JOptionPane.showInputDialog("Personel Bilgileri#\n\n\n" + // dediğim gibi gelen her girdi stringtir. Onu da bilgi simli dtring bir değişkene atadık.
  "1.Personel :1.Kişi\n" +
  "2.Personel :2.Kişi\n" +
  "3.Personel :3.Kişi\n" +
  "Personel Bilgileri İçin Numarasını Giriniz.");
 

int y = Integer.parseInt(bilgi); // Burada da string tipindeki bilgiyi parseint metoduna parametre olarak gönderdik ve integer tipine çevrilmesine sağlayarak y değişkenine atadık .