Senelerce NTFS dosya sistemine bağlı kalan Microsoft, Windows 8 ile beraber bunu değiştirebilir.
ITWorld tarafından işletim sisteminin ilk yapılarında yapılan bir keşfe göre Windows 8, 'Protogon' adında bir dosya sistemine ait sürücülerle beraber geliyor. Keşfi yapan Sando Villinger'a göre 'NT Protogon FS driver' adındaki bu sistem sürücüsü, bir dosya sistemine ait kernel modu sürücüsüne benziyor, ancak bunun büyük bir dosya sistemi mi yoksa sadece küçük bir alt sistem mi olduğu anlaşılmıyor.
Dikkat çeken bir nokta ise yukarıdaki ekran görüntüsünde Windows 8'in Protogon dosya sistemini kullanan bir sürücüyü tanımasına rağmen 'chkdsk' komutunun sürücü için henüz çalışmıyor olması.
Windows 8'in final sürümünde bu özelliği görüp görmeyeceğimiz ve NTFS'nin yerine geçip geçmeyeceği henüz belli değil. Microsoft'un Vista'da da WinFS adında bir dosya sistemini denediği, ancak işletim sisteminin final sürümünde desteğin kaldırıldığı biliniyor.