Samsung, önceki Galaxy S telefonlarında olduğu gibi Snapdragon'u ABD piyasası için ayırıyor. Galaxy S9, Qualcomm'un en son işlemcisi olan Snapdragon 845'e sahip. S9'un Snapdragon işlemcili sürümüne erişebilecek diğer ülkeler ise Çin, Japonya ve Latin Amerika ülkeleri. Avrupa ve dünyanın geri kalanı ise S9'un Exynos 9810 işlemcili sürümüne erişebilecek.
İki işlemci de benzer clock hızlarına ve sekiz çekirdeğe sahip. Exynos dört adet 2.7 GHz Monkoose M3 çekirdeğe ve dört adet 1.7 GHz Cortex-A55 çekirdeğe sahip. Snapdragon ise dört 2.8 GHz Kryo 385 Gold çekirdek ve dört 1.7 GHz Kryo 385 Silver çekirdek ile geliyor. Benzer olmalarına rağmen, test sonuçları Exynos'un daha güçlü olduğunu gösteriyor.