Apple'ın uzun süredir beklenen işletim sistemi Snow Leopard birçok OS X programıyla uyumsuz olduğu bildirildi. Snow Leopard Wikidot'a göre, OS X 10.6 ortamında Adobe Creative Suite'in belli sürümleriyle çalışırken bile bazı sorunlar meydana gelebiliyor.
Buna ek olarak sadece Java SE6'nın Snow Leopard yükseltme işleminden sonra geriye kaldığı ve tüm Java uygulamaları için kullanıldığı ortaya çıktı.
Snow Leopard Wikidot durumu şu şekilde açıklıyor: "(Leopard ve Tiger'da mevcut olan) eski Java sürümleri kaldırılıyor. Bu durum, Java SE 6 ile düzgün çalışmayan Java uygulamaları ve araçlarında problem çıkarabilir. Snow Leopard ile çalışmaları için bunların da güncelleştirilmesi gerekiyor."
Diğer uyumsuz programlar arasında Apple Server Admin Tools (10.5.x), CuteFTP, Disctrict 9 Ekran Koruyucu, Filemaker (bazı sürümleri), Macfusion, TivoDesktop, GP Desktop, Plaxo, Vonage Companion ve ZumoDrive var.
Hatırı sayılır miktarda güvenlik programı da Snow Leopard tarafından devre dışı bırakılıyor. Örneğin PGP Full Disk Encryption, PGP Desktop, CheckPoint SecureClient, Norton Anti-Virus, Sophos Anti-Virus (4.9.19, sürüm 7.0.5 çalışıyor) ve Symantec AntiVirus.
Apple'dan Bertrand Serlet'in yeniden elden geçirilmiş Snow Leopard'a yükseltme yapmanın "pürüzsüz bir deneyim" olacağına dair söz verdiğini de hatırlatmak gerek.