Nokia N97'nin pusulasında birkaç ufak sorun var gibi gözüküyor. Örneğin kimi kullanıcılar Nokia Maps'i açtıktan sonra her seferinde pusulalarını yeniden kalibre etmeleri gerektiğini söylüyorlar.N97 teorik olarak kopyala/yapıştır işlevini destekliyor. Pratikte ise bu sadece not defteri ve haber uygulaması için geçerli. Yani web tarayıcısında bu işlevi kullanamıyorsunuz.Nokia N97'nin tuş kilidi kapak mekanizması açıldığında otomatik olarak kalkıyor. Ya da en azından öyle olması gerekiyor. Ama internetteki kullanıcılardan bazıları tuş kilidinin açılması için bazen telefonun kapağını iki kere açıp kapamaları gerektiğini söylüyorlar.N97'nin güzel QWERTY klavyesinde rakamlar ne yazk ki yok. Aslında E71 veya E75'te de yok. Ama burada sayı yazmak sorun değil. çünkü tuşlara uzun basarak rakamlara ulaşabiliyorsunuz. N97'de ise diğer bir parmağınızla üst karakter tuşunu kullanmanız gerekiyor.Nokia N97'nin en büyük hatası ise fotoğraf kamerasında. Cihaz kimi zaman fotoğrafların bir yarısını gri olarak veriyor. İnternette birçok kullanıcının dert yandığı bu şikayet şimdilik N97'nin sorunlarının en önemlisi.